藉由抗Ｂ型肝炎病毒的藥物來抑制Ｂ型肝炎病毒而達到預防肝疾病的進展，延長病人的生命和改善生活品質的目標。

慢性Ｂ型肝炎的治療目前多採兩種方式：
一、採用抗病毒的藥物直接抑制人體中Ｂ型肝炎病毒的複製，包括先後在台上市的干安能
    (lamivudine)、干適能(adefovir)、貝樂克(entecavir)和喜必福（Telbivudine）。
    這些口服抗病毒藥物副作用少，服用方便。但持續使用有抗藥性病毒出現的可能性。
    而停藥後有許多病人病毒會再復發。
二、兼具抗病毒和免疫調節兩種作用之藥物，如：長效或短效型α干擾素。α干擾素治療會
    產生一些副作用，需要打針比較不方便。好處是α干擾素不會有抗藥性病毒出現，治
    療療程固定。
    至於以上二種治療方式何者為優？並不一定，需要依照臨床醫師針對病人的B型肝炎
    狀況來討論接受何種藥物治療，病人不可擅自買藥或逕行停藥。

口服抗病毒藥物何時是最佳停藥時機並不一定，少則一年，多則數年。目前的共識是e抗原陽性的慢性B型肝炎患者血中e抗原轉為陰性之後，繼續服用6～12個月，可考慮停藥。血中e抗原陰性的慢性B型肝炎患者較難治療，目前醫界認為口服抗病毒藥物至少要使用１年半，但何時可以停藥則無一定標準。
α干擾素的療程一般建議e抗原陽性的患者治療療程為半年至一年，e抗原陰性的患者療程為一年。