當確認進行放射治療時，醫師便會安排電腦斷層掃描及治療模具製作。其中電腦斷層掃描影像資訊會忠實的記錄病患體內器官構造分佈，而這些影像經由治療計畫系統可計算出病患體內輻射劑量分佈，而主治醫師將會圈選出腫瘤位置及周邊正常器官組織並且訂立劑量給予條件後交由醫學物理師設計射束給予方式，盡可能達到腫瘤劑量完全包覆的同時並有限度的保護周邊正常器官功能。而本院目前所使用的治療計畫系統為美國瓦里安公司(Varian)的Eclipse v15.6版本，配備有許多功能以增加設計治療計畫的彈性。

　　完成治療計畫後，醫學物理師會利用輻射測量工具量測病患治療計畫在機器端輸出是否和電腦計算模擬相符，以確保病患治療品質，本院採用IBA公司的輻射量測設備MatriXX。