重粒子治療和質子治療都屬於最近十分火紅的粒子放射治療。和質子治療不同，重粒子治療採用原子核射束進行治療，其中最有名且商業化的便是碳離子射束。重粒子治療和質子治療一樣，都具有「布拉格峰」之物理特性，可以減少正常組織所接受到的劑量。相比光子與質子治療，重粒子治療提供更強大的破壞力，有機會可以消滅對於放射治療有抗性的頑劣癌症細胞。也因為更強大的破壞力，重粒子治療的療程往往可以大幅縮短，減少病患舟車勞頓的辛苦。

　　但更強大的殺傷力並非完全沒有代價。傳統上，光子及質子治療會藉由分次治療，讓在治療範圍內的正常組織有喘息、修復的時間，但重粒子治療則讓正常組織的修復效果大幅降低。再者，由於重粒子治療採用更重更大的原子核射束進行治療，因此射束的控制難度又更高一級，如何靈活的轉換射束角度並保持高精準度，對於機械設計來說是一大考驗。另外一個問題則是所有新醫療技術都須面對的，重粒子治療的臨床治療經驗相對稀缺。質子的特性相對與光子較為接近，因此質子治療可以建立在傳統光子治療的基礎上快速成長。但重粒子則不同，因為其生物特性和光子大相逕庭，且有能力執行重粒子治療的放射治療中心非常稀少，因此有許多問題的答案都仍在研究當中。哪些腫瘤利用重粒子治療最有好處？最適合的療程與劑量是如何？有許多的臨床問題其實都還需時間累積更多的臨床資料來回答。

　　最後，重粒子治療和質子治療到底誰優誰劣？曾有一位日本學者這樣比喻：這問題就像是在問相撲力士和忍者誰比較厲害：基本上兩者優勢完全不同。重粒子治療就像是相撲力士，雖然力大而無堅不摧，但缺乏靈活的變化；質子治療則像是忍者，可以靈活的調整，但對於輻射抗性強的腫瘤則沒有優勢。總歸一句，只有最適合病人的治療，沒有最好的治療。