嘉義長庚提供雲嘉南地區更完整的大腸直腸癌治療，於民國96年成立大腸直腸癌團隊。團隊成員包括相關領域的專業醫療人員：核心成員包括大腸直腸肛門外科、血液腫瘤科、放射腫瘤科、放射診斷科、核子醫學科、病理科的專科醫師及專科護理師，專司大腸直腸癌的診斷治療及研究，並設有個案管理師執行個案的定期追蹤。團隊固定每週召開多專科會議，針對所有大腸直腸癌患者的病情變化及治療方針進行討論，依據個案的生理、心理及社會狀態，做出最適當的建議並提供最佳的治療方式：手術方面引進微創手術的先進觀念，已領先全國完成數百例的單切口腹腔鏡手術；化學治療及放射線治療也依據國際不斷推陳出新的研究，訂立最新的治療指引；診斷的確立及治療後的追蹤也有先進的影像醫學及病理解剖提供最佳的支援。另有多位非核心成員，包括一般外科、胸腔心臟血管外科、精神科及營養治療科，也都提供相關領域的專業能力協助治療。
臨床醫療水準的提昇有賴基礎醫學研究作為後盾：本治療團隊亦與大學單位合作，整合醫院及學校在臨床及基礎研究的資源，針對腫瘤生物學做更深入之研究，多項計畫已在進行中，且已有初步成果；相信未來可應用在大腸直腸癌的治療上，提供更優良的醫療品質。