癌症已連續40年居十大死因之冠，依據衛生福利部的統計，
雲嘉地區更是屬於癌症高發生地區，為讓鄉民就近得到早期
篩檢及全方位癌症治療長期照顧與追蹤，本院在2006年3月
成立癌症中心，主要目的在於培育癌症治療人才，整合多
專科癌症治療醫師，推動各項醫療技術。為提供病人整合
與舒適的癌症治療，於2010年6月成立實體化癌症中心，
從硬體設施到治療完全以病人為中心，每位癌症病人從
掛號、看診、抽血、領藥、化學治療、批價均集中在同一
層樓。
癌症中心 徐正明主任(掛號連結)
癌症篩檢可以早期發現癌症或癌前病變，及早治療以降低死亡率，癌症中心從院內到社區積極推廣四癌篩檢(大腸癌、口腔癌、乳癌、子宮頸癌)，2022年在COVID-19疫情衝擊下，仍突破國健署之篩檢目標達成率130%。今年度配合國家「肺癌早期偵測計畫」增加肺癌篩檢，以服務更多民眾，落實癌症防治策略。
目前癌症中心有十一大癌症團隊，為每位癌症病人訂定專屬治療計劃書、定期舉辦病例聯合討論會，更有其他專業人員為癌症病人服務，包括個案管理師、心理師、藥師、社工師、安寧共照護理師等。近年來，更是努力發展癌症新治療技術與儀器，如：溫熱化療、達文西手術、頭頸癌重建手術、釔90放射性栓塞、肝癌腹腔鏡下電燒等。
癌症中心榮譽事蹟如下：
- 2009、2013與2019年通過國民健康署癌症診療品質認證(效期至2026年12月31日)
- 2020年榮獲醫策會國家醫療品質獎「特色中心」
- 2021年「心的溫度、心的希望-以病人為中心之心理腫瘤諮商服務」榮獲SNQ國家品質標章
- 2022年頭頸癌團隊通過疾病照護品質認證
癌症中心主要工作目標以推動癌症防治策略，促進癌症病人生活品質，提升癌症醫療水準，癌症醫學研究與創新發展，提高癌症治療存活率，未來癌症中心希望能更上一層樓，朝向以下目標邁進：
1.持續配合國民健康署的委託計畫，推動五項癌症篩檢：配合國健署癌症防治政策，推動五癌篩檢(大腸癌、口腔癌、乳癌、子宮頸癌、肺癌)，包含院內、院外廠區及社區，發覺潛在個案，達到早期預防早期治療的目的。
2.治療人數及存活率超越醫學中心，成為雲嘉南第一大癌症治療醫院：依據衛生福利部2022年12月最新公布的2020年癌症登記年報，本院接受治療癌症人數，在全國202家有參與癌症登記的醫院中，高居第18位，未來在癌症中心所有同仁的努力下，不只希望本院治療的癌症病人能持續增加，也希望能將癌症治療，提升至醫學中心級的治療品質。
3.持續發展癌症治療特色、引進新設備與技術：過去在癌症手術、化學與放射治療已有的品質管制措施將持續進行，未來將發展癌症治療特色，引進新設備與技術，以進一步提升癌症病人的存活率。
4.注重腫瘤病人心理健康，做到全人照護：強化個案管理師、癌症心理師、安寧共照護理師、社工師的功能，提供癌症病人全方位的服務。
5.持續鼓勵與支持研究，與協助臨床試驗的進行：2014年6月本院成立｢長庚健康資料卓越研究中心｣，提供院內人員進行健保資料庫與長庚資料庫有關於癌症的研究，未來將持續鼓勵與推動癌症治療相關的研究與臨床試驗。