正顎手術本身是一個發展成熟、安全性很高的手術，相較於在顱顏美容中心進行的其他顱顏手術中（例如︰嬰幼兒的唇顎裂手術、神經纖維瘤患者如非洲阿福的手術），正顎手術算是簡易而安全的。手術發生大失血或是麻醉併發症的機率相較於飛機失事的機率是比較低的。
有些朋友會詢問經歷過骨頭切開再癒合的過程，是否以後年紀大了會有後遺症，例如出現風濕、骨質疏鬆等問題。根據目前現有的醫學證據而言，並未有任何研究或臨床報告指出骨頭曾經切開再癒合會對日後骨骼的健康產生不良的影響。
亦有人會擔心全身麻醉後會造成記憶力變差、智力降低，或是體質變虛變弱等問題。這些都是沒有醫學證據支持的。
下齒槽神經受傷： 下齒槽神經主要掌管下嘴唇附近皮膚的感覺。由於該神經在下顎骨內行經的位置接近下顎骨矢狀劈開術時切開的部位，在開刀進行中有可能因震動與拉扯而損傷。受傷後會使得下嘴唇附近皮膚的感覺變得不敏銳，發生的機會約為十分之一。而這十分之一手術中神經受傷的患者中，約有九成的患者在術後半年內會逐漸改善恢復，剩有一成的患者可能會恢復不完全，而下唇持續有感覺遲鈍的情形。但是並不影響日常生活，且顏面各部份運動不受影響，不必擔心會有眼歪嘴斜流口水的情形。
由於顏面部軟組織（皮膚、肌肉、韌帶等）在骨骼移動後，因拉扯產生抵抗的力量，此術後移至新位置的顎骨往往會有回復原來位置的趨勢或造成咬合異常，此時需要齒顎矯正治療的配合或需再次手術，使復發的可能性降至最低。
術後感染（發生率、需再次手術調整機率約為百分之ㄧ）：所有的手術都有感染的機會。由於正顎手術開刀的傷口多在嘴巴內，術後若口腔衛生不良，以及生活作息不正常，都會增加感染的機會。整體而言，感染的機會約為百分之一。術後感染的處理，大部份只需在門診追蹤、服用抗生素治療。部份情況可能需在門診時稍微打開傷口，引流感染的血水，幫助復原。只有極少數需要住院，施打抗生素或再行清創治療。
固定骨片用的迷你鈦金屬釘或迷你鈦金屬板外露（發生率約百分之ㄧ）：基本上這些用來固定截骨處的迷你骨釘或迷你骨板是由鈦合金製成，與人體細胞的相容性很好，一旦置入，不需要另外移除。但有時因為傷口感染或癒合不良會有鬆動外露的情形，此時可以考慮在骨頭癒合後，以局部麻醉的小手術來移除，時間約是在開刀後半年。
視神經受傷（發生率千分之一以下）：據文獻記載可發生於接受勒佛氏上顎切骨術的病人。暫時性的視神經受損會在六個月內會慢慢恢復部份視力。但如果是永久的視神經受傷，則會導致失明。
顏面神經受傷（發生率千分之一以下）：據文獻記載可發生於接受下顎骨矢狀劈開術的病人。暫時性面神經痳痺在三個月內會慢慢復元，但如果是永久的面神經受傷，則可能需要其他手術來治療。
骨頭缺血性壞死（發生率千分之一以下）：在上下顎前部切骨手術因為切開的骨塊血液循環不良所造成。可能需將壞死的骨塊取出或再行重建手術。
術後呼吸道窘迫症（俗稱呼吸困難，發生率約千分之三至百分之一）：當術後上下顎以顎間鋼絲固定在一起時或氣管插管後造成氣管痙攣或水腫時較容易會有此情形發生。一般需延遲氣管插管移除時間至手術後一夜至二夜。
牙齒及牙周的病變，如牙齦萎縮、牙根外露、牙齒變色等，一般發生率皆小於百分之一，但其真正發生原因尚未完全釐清，亦無法完全避免。
小部分患者及家屬們可能聽說過親戚朋友之間，有在手術中經歷到不良的麻醉經驗，而對全身麻醉的過程有所擔心怯步。無可諱言，麻醉有它的一定風險，而這風險通常又與患者本身身體狀況以及手術麻醉是否由專科醫師執行有關。雖然現在的麻醉醫學已較以往進步很多，但目前在台灣，與麻醉相關的死亡率仍達十萬分之四。為給予患者安全及高品質的麻醉服務，在本中心，麻醉專科醫師及麻醉科護士會在手術前、手術中、恢復室中參與您的手術過程。在麻醉之前，麻醉科醫師或護士會與您確認您的健康狀況、病史、藥物史、麻醉史等等，然後接上監測用的各種儀器，並開始進行全身麻醉。手術中麻醉專科醫師及麻醉科護士除了操作麻醉機器，還會持續使用監視儀器堅測著您的心跳、血壓、呼吸、血氧濃度、體溫、血紅素、電解質等等，一有不正常的變化，我們都會立刻處理，相當的安全。在恢復室中，護士同樣會觀測您生命症候的變化、並適時對您的不適作出處理。
病患需要誠實及清楚的向外科醫師及麻醉科醫師報告健康狀態，如肺部健康問題、氣喘、高血壓、糖尿病、心臟病、過敏病史、心絞痛、胸悶、麻醉史、麻醉藥品家族史、以及平時所服用藥物（控制病情的藥物、中藥、成藥、安眠藥、止痛藥等等），並配合各項生理檢查。在手術之前8小時（一般是由午夜12點過後），遵守禁食及禁喝水的規定，因為在麻醉時，病患保護呼吸道通暢的反射動作會消失。這時如果胃部充滿食物，便很可能導致嘔吐及食物回流，經由氣管吸入造成吸入性肺炎。
手術之前會由齒顎矯正醫師和顱顏外科醫師一同擬定手術計畫，手術過程中最少會有以下專業人員執行手術：顱顏外科醫師三位、麻醉專科醫師一位、麻醉護士一至兩位、刷手護士一位、流動護士一位。
正顎手術採用置放氣管內管式的全身麻醉法，並非在脊椎注射藥物的半身麻醉法。小部分患者可能會聽母親提起生產時以脊椎注射來進行麻醉的不適經驗，而會懷疑如果要接受正顎手術也會面臨脊椎注射麻醉的不適。普遍來說，脊椎半身麻醉法只適用於下肢或下腹部的手術，而手術部位在顏面的正顎手術仍是要使用全身麻醉。 所謂置放氣管內管式的全身麻醉程序為︰先從點滴注射安眠鎮定藥物，待患者進入睡眠狀態後，再加入肌肉鬆弛劑並同時給予患者氧氣面罩，至患者失去知覺及完全鬆弛之後，再由有經驗的麻醉人員置放合適的氣管內管。手術中，則經由氣管內管持續的將麻醉氣體及氧氣輸送到病患肺部，維持足夠麻醉深度以利手術進行。
在本中心的正顎手術失血量大部分約在100cc~500cc之間，少數因為術式較複雜可能失血超過1000cc，本中心使用低血壓麻醉技術，可以減緩血流的速度，降低失血量。 大部分的正顎手術皆不需進行輸血動作，如需輸血，血庫人員會作仔細的檢驗，確保安全，有時候會請患友在手術前進行自體捐血。
全身麻醉是指在麻醉藥物的作用下，使人體產生廣泛的中樞神經系統抑制，暫時性地使意識及感覺消失（所以並不會感到痛）、肌肉鬆弛、反射活動受到抑制，呼吸機能和循環機能降低，但仍保持在一定水準，以利於較大型手術的進行。麻醉專科醫師會依據手術所需要的麻醉時間精確控制麻醉藥品的施打或麻醉氣體的放送，所以您不會在手術過程中途醒來。當手術告一段落，麻醉專科醫師會停止麻醉藥品的施放，並且為您注射恢復肌肉張力的藥品，使您順利離開麻醉狀態清醒過來。手術進行中您感覺不到痛，也對手術過程沒有記憶。 而睡眠狀態是神經系統高級部位發生普遍性抑制的表現，睡眠時各種功能活動都減弱，但呼吸機能、循環功能、反射功能、感覺功能仍維持在一定水準內。與全身麻醉截然不同。
民國93年1月，一名女子於某診所進行國字臉削骨手術，在全身麻醉約三小時後，開始出現血壓下降、體溫升高等異常生理反應，經診所搶救仍未見情況改善，將患者轉送台大醫院，經過四天的救治，該名患友仍宣告不治。經台大醫院診斷後，得知該患者本身帶有特殊基因，引發「惡性高溫症」，造成全身多重器官衰竭，導致不治。麻醉而產生惡性高溫症的狀況，成人發生率約為五萬分之一，若無法在第一時間給予適當藥物及處理，死亡率可高達七成。其發生原因為患者基因異常，無法事先預知。手術麻醉中若能及早發現病患產生惡性高溫症，給予特別的急救藥物Dantrolene及作出適當急救處置，致死率可降至5%以下。目前本院為北區醫療網中常設Dantrolene之醫學中心之一。
據媒體披露，該名女子因為失血過多，醫師施打強心針急救，卻與原先麻醉時使用的麻醉藥劑混合後產生副作用，使患者昏迷不醒。一般而言，外科醫師若具備足夠的訓練，在手術中切到動脈的機率能大為降低，且若有麻醉專科醫師在場，也能即時判斷各種化學藥劑是否會與麻醉藥劑產生不良的混合，不致於發生意外。在進行顏面骨美容手術時，建議選擇具有專業醫療團隊的大型教學醫院進行手術，降低發生危險的可能性。本中心醫療團隊多年來執行過千例以上的顏面骨骼美容手術，從未有類似的併發症發生。
手術中截骨處會利用迷你骨板和迷你骨釘（直徑2mm）做堅實固定（Rigid fixation），所以術後說話、做表情、側睡都不必擔心會影響骨片的固定。一般而言術後六週截骨處就會初步癒合起來，完全癒合可能要一年。所以建議您在術後三個月內，要避免籃球、足球等容易被重重撞擊臉部的場合。
正顎手術所有的刀口都在嘴巴裡面，外面一般沒有傷口，但如果下顎需要手術，醫師會在兩頰邊各做一個約零點二公分的傷口，從這傷口固定骨骼。這傷口非常的小，癒合後看不見。（以上修改自羅慧夫顱顏基金會出版刊物「唇顎裂一百問」第87問「正顎手術是否會有傷口或留下疤痕」）
一般而言，正顎手術過程中可能會拔除小臼齒或是智齒。
【拔除小臼齒的情況】拔除小臼齒的目的是為了配合上顎前部切骨手術（Wassmund術式）和下顎前部切骨手術（Köle術式）。這種狀況下，會將兩顆或四顆小臼齒拔除；而選擇犧牲小臼齒，是因為小臼齒是介於前牙（門齒、犬齒）和後牙（臼齒）之間過度型的牙齒，因此拔除小臼齒不會影響到咀嚼功能。
【拔除智齒的情況】拔除智齒的目的是為了避免智齒的干擾，例如：避免智齒被迷你鈦金屬釘釘到，是避免智齒在術後陷入骨頭中等等，因此會將智齒拔除；然而不論手術與否，都有將近六，七成以上的人的智齒會因為空間不夠或是齒位不正而需要拔除，因此不需要擔心拔掉智齒後牙齒會不夠用。
- 整形外科學會詢問該醫療單位本身施行手術的專業度
- 該醫師是否具備整形美容專科執業證照
- 該醫療機構是否儲存麻醉急救備用藥
- 該醫療單位所使用的麻醉機是否為新型機器
- 該醫療單位是否聘有合格的麻醉專科醫師，而不僅是聘有麻醉護士
- 該醫療單位是否有急救設備及急救團隊