兒童整形外科的專長在主治唇顎裂，顱顏畸形，四肢異常，血管瘤，胎記，雷射，灼傷重建，以及顏面肢體腫瘤。本科累積多年的經驗，在各方面已有相當好的結果，目前新科技新技術不斷的發展，治療方式得以精益求精，達到最好的結果。
唇顎裂是新生兒常見的畸形之一，在他們的成長過程中有可能出現一些問題，譬如說餵食、外觀、說話、中耳積水、牙齒咬合、上顎發育等問題，但是照長庚兒童整形外科的技術來說，以上這些都可以解決，外觀上和功能上我們都可以重建到和正常差不多，而且唇顎裂患者的心智發展跟一般人是一樣的。唇顎裂的治療，需要一個醫療團隊許多專家的合作，其中關係最密切的大概就是整形外科、牙科、耳鼻喉科、以及語言老師了。牙科醫師會在嬰兒出生後協助裝置顎板以方便餵食，並且在手術前將塌陷的鼻子撐高，增加了手術後鼻形回復正常的機會，另外牙齒的調整矯正需要牙科醫師的幫忙。唇顎裂的小孩可能會有中耳積水和聽力受損的情形，特別是在嬰幼兒期容易發生，有賴耳鼻喉科醫師幫忙做檢查和治療。語言機能的異常包括咬音不準和說話鼻漏氣，語言老師會做檢查，給予語言訓練或建議適當的治療方式。整形外科醫師則針對唇部、鼻部、顎裂處、牙齦裂，以及可能產生的顎咽閉鎖不全及顏面發育不良等問題，在適當的時機施行適當的手術治療。目前的手術方法及技術相當進步，在麻醉方面也很安全，絕大多數的唇顎裂患者都可以達到理想的外觀和功能。目前建議的手術時機是在三個月左右做唇裂和鼻畸型的修復手術，一週歲以前完成顎裂修補，四至六歲時視情況需要調整鼻子軟骨的鼻整型術，九歲時做牙床裂縫的植骨手術同時關閉口鼻廔管，如果顏面發育異常有上顎後縮戽斗的情形時，則可在十二歲左右做上顎前移骨骼增生術，或者在高中或十八歲後接受正顎手術治療。對於唇顎裂的患者我們建議需每隔半年至一年到門診追蹤檢查，以確保外觀和功能保持最佳情況。目前的治療結果相當令人滿意，社會支持及社會資源也有大幅的改善，對顱顏患者有很大幫助。
血管瘤和胎記也是常見的新生兒疾病，草莓型的血管瘤在出現、長大、然後會逐漸消退，臨床上如果沒有造成困擾，可以定期觀察，如果有功能或外觀上的問題，就需要擬定治療計劃。海綿型的血管瘤則不易自然消退，構造上以靜脈畸形為主，一般位置在皮下深層，有時候因為其穿過重要組織，造成治療的困難。胎記可以是血管瘤，或是皮膚的色素沉著，治療的考量是以其組織構造為主，也要考慮它會引起的美觀及心理的困擾。血管瘤和胎記的治療方法有好幾種，包括口服或注射腎上腺皮質素、雷射治療、局部血管硬化劑注射、外科手術切除等。方法的選擇和治療計劃的擬定，依各別病人的狀況而定，治療後的照顧、觀察、和定期追蹤很重要，有時候需要一個治療團隊共同處理，以達到最好的結果。