現階段的 HPV 疫苗可分為兩種，一是利用酵母菌基因重組技術的基因重組疫苗 (HPV-6、11、16、18)；另 一是使用桿狀病毒技術的疫苗 (HPV-16、18)，兩種 HPV 疫苗都屬於預防性疫苗，是重新組合晚發性病毒外殼蛋白 L1 的基因重組疫苗 (recombinant vaccine)。

HPV 疫苗主要結構為一個類似病毒的顆粒 (virus-like particle，VLP)，含有病毒蛋白但不含病毒DNA的空殼，與 HPV 極為類似，能夠讓身體產生免疫反應，但不會引發疾病。人體在對這些重組蛋白產生免疫反應之後，可以抵抗日後由真正病毒引起的感染。

臨床前的研究數據顯示，HPV  L1 VLP 疫苗的效果乃是透過引發體液免疫反應 (humoral immune responses) 的作用，藉由接種此疫苗產生抗 HPV 抗體來預防疾病。 

在研發 HPV 疫苗時，若是以侵襲性子宮頸癌或子宮頸原位癌做為終結點，是費時而且不道德的，因此美國藥物食品管理局疫苗及相關生物製劑資詢委員會 (FDA Vaccines and Related Biologicals Advisory Committee) 認為，一個有效的 HPV 疫苗應該至少要能抑制 CIN Ⅱ / Ⅲ 或更為嚴重的AIS (根據 FIGO 分期，CIN III 或 AIS 為第 0 期子宮頸癌)，才能確定為對子宮頸癌有預防的效果。研究結果顯示，目前市面上以 CIN II / III 為臨床試驗觀察終點的 HPV 疫苗 (HPV-6、11、16 及 18) 可以對抗由 HPV-16、18 引起的第 0 期子宮頸癌，功效為100％3；對抗 VIN II / III (外陰上皮內贅瘤) 或 VaIN II / III (陰道上皮內贅瘤) 的效果為 100％2；對抗 HPV-6、11、16 及 18 引發的 CIN II / III 功效為 100%3、4、5；而對抗與 HPV-6、11、16 及 18 相關的外生殖器病灶 (生殖器疣、CIN I、VaIN) 功效也高達 99%3、4、5。 HPV 疫苗能夠有效預防癌症的疫苗，根據澳洲及紐西蘭核准的適應症，此疫苗用於 9~26 歲的婦女，以預防 HPV-6、11、16 及 18 引起的子宮頸癌、外陰癌、陰道癌、癌前期或分化不良的病變、生殖器疣以及感染等；此疫苗也適用於 9~15 歲的男童，以預防相關病變或癌症的發生。

 接種 HPV 疫苗前不需要作子宮頸抹片以及 HPV DNA 檢測，由於同時感染四種疫苗所含 HPV 類型 (HPV 6、11、16 或 18) 的機率非常低，因此 HPV 疫苗可提供對抗其餘類型相關疾病的保護作用。換句話說，疫苗接種前感染 HPV 6 的受試者仍可得到對抗由 HPV 11、16 及/或 18 引發的疾病的保護作用。 但是所有有性行為的女性必須依據子宮頸抹片臨床指引， 定期接受子宮頸抹片檢查以及追蹤。 如果一年內沒有接受過子宮頸抹片檢查， 應建議應作子宮頸抹片檢查。  

由於仍有 30% 的婦女有機會受到疫苗所含 HPV 類型 (HPV 6、11、16 或 18) 以外的 HPV 類型之感染，若是子宮頸抹片檢查有異常，則需再進一步作切片分析 (biopsy)、陰道鏡檢查等，以做正確診斷與治療。