臨床蛋白質體核心實驗室提供更新後的服務項目，依分析流程的相關性可歸納為：(1)質譜分析前蛋白質樣品製備，(2)質譜分析前胜肽樣品製備，(3)液相層析串聯質譜儀分析 (4) 蛋白質資料庫搜尋比對平台等，以獲得蛋白質身份鑑定結果。
流程圖中，簡示各收費項目與分析流程圖關聯性。
請有意委件或進行共同合作研究案之研究人員與本實驗室主持人進一步接洽使用細節，尋求適合您的整合型技術平台。
核心實驗室整合型技術平台
（1）二維膠體電泳及影像分析平台
（2）PMF蛋白質身份鑑定與資料庫搜尋比對平台
（3）高通量LC-MS/MS蛋白質體分析平台
（1）二維膠體電泳及影像分析平台
二維膠體電泳(2D gel electrophoresis, 2-DE)主要用途在於將複雜蛋白質樣品依序進行第一維(first dimension)的等電聚焦(isoelectric focusing, IEF)分離，與第二維(second dimension)的十二烷基硫酸鈉-聚丙烯醯胺凝膠電泳(SDS-PAGE)去分離不同分子量的蛋白質。第一維是根據蛋白質的等電點(isoelectric point, pI value)的差異而分離；第二維則是根據蛋白質的分子量大小不同進行分離，最後可在一個二維膠片平面上得到數百~數千個蛋白質點(protein spot)，接著根據研究目的的不同，使用者選擇所欲比對的樣品進行影像分析，透過反覆的匹配與比對，可以篩選出在不同膠片之間有顯著變化的spot，或是研究者感興趣的spot，再進行後續之蛋白質鑑定實驗。
（2）高通量LC-MS/MS蛋白質體分析平台
LC-MS/MS是將高效能液相層析的分離能力與質譜儀的質量分析能力串聯在一起，這項技術將蛋白質水解後所衍生出的胜肽群，經由高效能液相層析管柱分離胜肽分子，進而由電噴灑技術將其離子化後進入質譜儀分析。由於樣品經過高效能液相層析，可以降低樣品的複雜性及干擾性，因此可大大地提升身份鑑定的敏感度、正確率及蛋白質序列涵蓋度。高通量蛋白質體質譜數據搭配MASCOT及Sequest 搜尋引擎 (Search Engine)，進行各物種蛋白質體資料庫的身份比對，及Proteome Discoverer蛋白質體定性與定量分析軟體整合分析，提供具有嚴謹統計分析，且方便檢視及輸出發表的蛋白質體數據資料。
（3）LC-MS/MS 技術平台可搭配之相關技術
|
