核心技術
本階段研究平台的建立以能完成完整的，高品質的並以臨床檢體或題材的研究為目標(有別長庚大學的「蛋白質體學中心」)。故建立的研究平台特別加強在蛋白體群相的分析及比對(analytical & comparative proteome profiling)及蛋白體的身分鑑定。
1) 比對蛋白質體學系統 (Comparative proteomics): 為了能深入分析疾病與對照組在蛋白質體表現的差異以了解致病的機制及尋找可用治療的標的分子。
- 二維凝膠蛋白質電泳系 (Two-dimensional gel electrophoresis; 簡稱為 2-DE)。
利用蛋白質的等電點 (Isoelectric point)差異及分子量不同，將檢體中的各個蛋白質成份在凝膠中以不同的pH值分離。本技術的特點是蛋白質的分離程度好、再現性高、原理簡單、學習容易。因此，多年來一直是蛋白質體學研究裡使用最多的技術。適用比較於一群或多群檢體間蛋白質表達量上的差別，如分析細胞或組織在不同生理或病理環境下發生的變化，而以蛋白質的差異量來表達
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| 本中心配備四套完整的二維凝膠蛋白電泳系統。每次可做6-12片凝膠分析。 |
本中心配備新ProXPRESS全光譜掃描及影像擷取系統，能分析可見光、紅外光、螢光等。 |
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配套Progenesis workstation 2005分析軟體，其主要功能為進行膠片與膠片間點對點之二維及三維立體圖比對及進行點的差異分析，進一步結合MALDI-TOF/TOF質譜分析，來確認蛋白質ID的鑑定，利於幫助研究者來找尋癌症生物標記蛋白及其相關功能之研究。
利用本套系統完成的研究：
- 探討人類慢性潰瘍性結腸炎的致病因子 (Proteomics 2006, World J Gastroenterology 2008)
- 從Guillain-Barne症候群患者的腦脊髓液中找到具診斷價值的蛋白分子(Proteomics Clinical Application 2007)
- 分析肝癌細胞在細胞週期進行過程中蛋白質的動態改變，及相關生物功能調節路徑的變化。 (Proteomics 2008)
2) 歷史服務項目
MALDI-TOF/TOF MS基質輔助雷射串聯質譜儀
MALDI-TOF/TOF MS主要對胜肽、蛋白質進行檢測和鑒定。與傳統質譜相比，MALDI-TOF/TOF具有下列優點:
- 高解析度;
- 高精準度;
- 運用
- 可分析完整蛋白質分子量，進行蛋白質鑑定;
- 使用串聯質譜技術，分析酵素消化蛋白質之後的特徵peptide序列，進行蛋白質鑑定;
- 使用串聯質譜技術，進行蛋白質序列與後轉譯修飾分析;
- 連結LC分離與MALDI技術，進行更高覆蓋率的序列分析;
- 以同位素標誌技術進行定量分析;
- 以親和免疫法與同位素標誌技術進行特定蛋白質定量分析;
- 具高通量功能用於病源菌的分類或鑑定，進而作為臨床檢體診斷，及微磁珠蛋白群純化描繪，適用於尋找體液中之生物標記。
3)液相層析串聯高精準質譜儀LC/Q-Exactive Orbitrap
液相層析串聯質譜儀是蛋白質應用研究的最佳儀器，本實驗室之液相層析儀採用奈米流路等級，只需少量樣品即可完成分析，並搭配最新的軌道阱式(Orbitrap)質譜儀進行高精準質荷比分析， 提高蛋白質定性及定量的效能及精確度。
- 液相層析儀分離
- 離子化的胜肽在質譜儀中碎裂成更小的肽段與胺基酸，透過資料庫比對可推算出完整的胜肽序列，進行蛋白質的身份鑑定。
- 蛋白質的鑑定及定量分析。
- 蛋白質轉譯後修飾基及修飾位鑑定分析 (如磷酸化胜肽鑑定等)。
- 相關研究服務請洽核心實驗室博士級研究人員 (紀朗明及 張螢徹) ，分機: 8961。
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