重度肥胖病人由於脂肪組織肥厚，增加了剖腹手術的困難，同時一旦產生胃腸道手術的併發症，脂肪組織也會改變表現的病症及增加處理上的難度。手術的併發症包括手術接合處的滲漏，胃腸道出血，脾臟傷害，腹內膿癢，傷口感染，肺栓塞，腸阻塞等。約發生於3﹪至10﹪的病人，而施行減肥手術的死亡率為0~1.6﹪。 一般而言，年輕且BMI<50之病人很少有死亡率，然而BMI超過60同時也合併有併發症病人死亡率可達2-4﹪。胃束帶也較胃繞道手術安全許多。儘管手術治療存上述顯著的風險，但與長期保守治療相較，術後效果仍令人滿意。

長期後遺症在胃束帶較少，主要與帶子的機械故障有關係，包括管子阻塞，移位，感染與斷裂等。在初期的報告其發生的比率可高達30﹪，但是隨著手術技巧以及器材的進步，目前僅約3﹪至5﹪的人需再度手術移除管子。

胃繞道手術的長期後遺症則較明顯，多與微量營養素的缺乏有關，約三分之一的病人會因鐵劑不足造成貧血，脂溶性維他命吸收不足造成B12缺乏，礦物質不足造成掉髮，鈣質吸收不足造成骨質疏鬆。長期追蹤研究顯示，如能定期補充微量營養素，大部份的病患都可如正常人一般。其他的後遺症則為胃腸道症狀的增加，如腸絞痛，排油等。加拿大的長期報告也顯示減肥手術後的病人產生胃腸道相關疾病的機會會增加。