林口長庚分子轉譯影像中心的組織架構包括硬體組織架構和軟體組織架構二大項。
硬體組織架構，第一階段完成採購的儀器有，正子斷層掃描儀（PET/CT）、核磁共振儀（3T-MRI）、小動物正子斷層掃描儀（Micro PET）、小動物單光子電腦斷層掃描儀（Nano SPECT/CT）、活體影像系統(IVIS200)、大小鼠冷凍切片機、磷光掃描機（Phosphoimager）、Beta-Imager等。 第二階段性研究工作(2008-2012)，除現有儀器設備升級外，新增三項重要儀器，小動物核磁共振儀（7T-MRI）、全景組織細胞定量分析儀、小動物心臟超音波。
軟體組織架構，林口長庚分子轉譯影像中心設有六個學組實驗室： (1)分子MRI學組、(2)臨床前期動物分子影像學組、(3)藥物篩選暨藥物動力學實驗室 、(4)迴旋加速器新藥暨分子探針研發學組 、(5)多模組分子影像臨床試驗學組 、(6)多模組分子影像技術與新藥開發學組。
人力配置，中心主任1名，研究人員9名(博士級研究員3名、碩士級專任研究助理6名)，行政助理1名。中心主任負責統籌和負責整個動物分子轉譯影像中心，博士級研究員負責連絡和協調各個子計畫的執行和合作事宜，研究助理負責分子轉譯影像中心動物模式之建立、放射藥物之製備、貴重儀器的操作等。
