鑑於現代癌症治療的趨勢走向多科整合治療及彙集各科專家共同診治、擬定治療計畫， 長庚醫院在民國七十九年即成立腫瘤中心籌備處負責全院癌症整合治療計畫之擬定、施行與考核。
由於長庚體系癌症病患佔全國的四分之一，為全國最大的癌症治療醫院。其中絕大數病患為最需照顧的社會中、低層民眾。為使這些癌症病患得到最佳的治療過程與成果，在陳敏夫院長的大力推動下，於93年1月正式成立林口長庚癌症中心。經三年的建構後，完成了台灣綜合型醫學中心第一個以病患為中心，進行軟硬體整合的實體化癌症中心，並於96年初正式啟用。
為提供最佳的治療過程，這棟設備完善的癌症中心大樓包涵了內科腫瘤病房、骨髓移植病房、化療後易感染病患專用的反隔離病房、舒適並重視隱私的門診化療室、最新的放射治療及分子診斷設備等。
在寬敞、充滿陽光的聯合門診區，各癌症團隊主要醫師同一時間開診，再加上有個案管理師、營養師、精神科醫師、志工等對病患進行全人照顧，使病患在治療過程中無論身心皆充滿團隊之關懷，不再是孤獨作戰。 為得到最佳的治療成果，本中心在多年前即針對不同部位腫瘤設立癌症團隊，各團隊皆包含內、外、放射腫瘤、影像、病理等各科專家，並建立癌症治療指引，供團隊成員遵循。近來更要求病患在主要治療(手術、化學治療或放射治療)前，醫師須填寫癌症治療計劃書交給團隊會議討論，目前共有十九個癌症團隊。
為了時效性，每一團隊每週皆開團隊會議，由各科專家共同討論決定病患的診療。更針對各癌症團隊設定了醫療指標，定期予以查核並促成改善。此外在化療安全、品質監控、專科教育等也皆有具體成效。
自九十三年一月原腫瘤中心籌備處之組織改為癌症中心，組織位階提昇至隸屬院長之下的一級單位。
- 主任：血液腫瘤科王宏銘醫師
- 副主任：耳鼻喉科部廖俊達醫師、胸腔及心臟血管外科系趙盈凱醫師
- 執行秘書：放射腫瘤科王俊傑醫師
功能任務小組組長
- 癌症登記小組-腫瘤內科蘇柏榮醫師
- 癌症醫療品質工作小組-腫瘤內科徐鴻智醫師
- 解剖病理品質提升召集人-吳仁欽醫師
- 放射治療安全小組召集人-放射腫瘤科林倩伃醫師
- 影像診療品質小組召集人-影像診療部陳煥武醫師
- 癌症用藥安全小組-腫瘤內科彭夢婷醫師
- 免疫治療推動小組-腫瘤內科張文震醫師
癌症中心為一個任務編組，以下設十九個癌症治療小組，分別針對國人常見的子宮頸及婦癌、乳癌、大腸直腸癌、鼻咽癌、頭頸部腫瘤、肝癌、肺癌、食道癌、胃癌、胰臟癌、膽道癌、腦癌、泌尿道癌、甲狀腺癌、骨癌/軟組織肉瘤、腸胃道基質瘤及肉瘤、皮膚癌、血液惡性病及淋巴腫瘤、兒童血液腫瘤等，結合外科、放射腫瘤科以及內科醫師們，為全院之癌症病患做最好的服務。
包含社工師、心理治療師、營養師及個案管理師等。尤其是新設立之個案管理師一職，可以提供病患從診斷後治療期間之持續性照護諮詢，治療計畫完成之監控，回家後之自我照護及定期回診等資訊。
- 78年-83年
- 由美國Dr. Hall協助規劃成立腫瘤中心籌備處，擬定診療準則，建立團隊資料庫
- 86年
- 每年舉辦泰瑞法克斯國際癌症研討會，以特定部位腫瘤為主題
- 87年
- 開始每月一次團隊年度報告檢討會，並延續至今
- 90年
- 10月1日開始承辦國民健康局第一階段癌症防治中心計畫
- 93年1月
- 成立癌症中心，組織位階提昇至隸屬院長之下一級單位，重整17個癌症團隊
- 93年10月
- 承辦國健局癌症防治中心計畫「癌症防治中心-全面提昇癌症診療品質計畫」
- 96年初
- 正式啟用癌症中心
- 96年7月
- 成立皮膚癌團隊
- 97年11月
- 成立腸胃道基質瘤及肉瘤團隊
- 100年1月
- 質子暨放射治療中心動土
- 103年7月
- 永慶尖端醫療園區(質子暨放射治療中心)啟用