鉴于现代癌症治疗的趋势走向多科整合治疗及汇集各科专家共同诊治、拟定治疗计划， 长庚医院在民国七十九年即成立肿瘤中心筹备处负责全院癌症整合治疗计划之拟定、施行与考核。
由于长庚体系癌症病患占全国的四分之一，为全国最大的癌症治疗医院。其中绝大数病患为最需照顾的社会中、低层民众。为使这些癌症病患得到最佳的治疗过程与成果，在陈敏夫院长的大力堆动下，于93年1月正式成立林口长庚癌症中心。经三年的建构后，完成了台湾综合型医学中心第一个以病患为中心，进行软硬件整合的实体化癌症中心，并于96年初正式启用。
为提供最佳的治疗过程，这栋设备完善的癌症中心大楼包涵了内科肿瘤病房、骨髓移植病房、化疗后易感染病患专用的反隔离病房、舒适并重视隐私的门诊化疗室、最新的放射治疗及分子诊断设备等。
在宽敞、充满阳光的联合门诊区，各癌症团队主要医师同一时间开诊，再加上有个案管理师、营养师、精神科医师、志工等对病患进行全人照顾，使病患在治疗过程中无论身心皆充满团队之关怀，不再是孤独作战。为得到最佳的治疗成果，本中心在多年前即针对不同部位肿瘤设立癌症团队，各团队皆包含内、外、放射肿瘤、影像、病理等各科专家，并建立癌症治疗指引，供团队成员遵循。近来更要求病患在主要治疗(手术、化学治疗或放射治疗)前，医师须填写癌症治疗计划书交给团队会议讨论，目前共有十九个癌症团队。
为了时效性，每一团队每周皆开团队会议，由各科专家共同讨论决定病患的诊疗。更针对各癌症团队设定了医疗指标，定期予以查核并促成改善。此外在化疗安全、质量监控、专科教育等也皆有具体成效。
自九十三年一月原肿瘤中心筹备处之组织改为癌症中心，组织位阶提升至隶属院长之下的一级单位。
- 主任：血液肿瘤科林永昌医师
- 副主任：放射肿瘤科曾雁明医师、脑肿瘤神经外科魏国珍医师、耳鼻喉部廖俊达医师
- 执行秘书：放射肿瘤科王俊杰医师
功能任务小组组长
- 癌症登记小组-肿瘤内科周文其医师
- 癌症医疗品质工作小组-肿瘤内科徐鸿智医师
- 解剖病理品质提升召集人-叶琦如医师
- 放射治疗安全小组召集人-放射肿瘤科曾振淦医师
- 影像诊疗品质小组召集人-影像诊疗部王俐人医师
- 化疗治疗安全小组-肿瘤内科张文震医师
- 免疫治疗推动小组-肿瘤内科张文震医师
癌症中心为一个任务编组，以下设十九个癌症治疗小组，分别针对国人常见的子宫颈及妇癌、乳癌、大肠直肠癌、鼻咽癌、头颈部肿瘤、肝癌、肺癌、食道癌、胃癌、胰脏癌、胆道癌、脑癌、泌尿道癌、甲状腺癌、骨癌/软组织肉瘤、肠胃道基质瘤及肉瘤、皮肤癌、血液恶性病及淋巴肿瘤、儿童血液肿瘤等，结合外科、放射肿瘤科以及内科医师们，为全院之癌症病患做最好的服务。
包含社工师、心理治疗师、营养师及个案管理师等。尤其是新设立之个案管理师一职，可以提供病患从诊断后治疗期间之持续性照护咨询，治疗计划完成之监控，回家后之自我照护及定期回诊等信息。
- 78年-83年
- 由美国Dr. Hall协助规划成立肿瘤中心筹备处，拟定诊疗准则，建立团队数据库
- 86年
- 每年举办泰瑞法克斯国际癌症研讨会，以特定部位肿瘤为主题
- 87年
- 开始每月一次团队年度报告检讨会，并延续至今
- 90年
- 10月1日开始承办国民健康局第一阶段癌症防治中心计划
- 93年1月
- 成立癌症中心，组织位阶提升至隶属院长之下一级单位，重整17个癌症团队
- 93年10月
- 承办国健局癌症防治中心计划「癌症防治中心-全面提升癌症诊疗质量计划」
- 96年初
- 正式启用癌症中心
- 100年1月
- 质子暨放射治疗中心动土
- 103年7月
- 永庆尖端医疗园区(质子暨放射治疗中心)启用