目前B型肝炎治療藥物可分二種。一為強化病人免疫力的免疫調節劑，間接達到清除病毒的效果，此類藥物以干擾素為代表。另一類為直接抑制病毒複製的藥物，如類核甘(酸)。

在治療過程中，二者的臨床表現不盡相同。服用類核?(酸)藥物治療的病患，多數肝功能指數（GOT、GPT）在3~4週後逐漸下降，之後大多保持正常或穩定。而在接受干擾素治療的病患中，約25~40%在接受治療一段時間後（第2至第3個月中）產生肝指數再發作而升高。病人可能會因此擔心治療是否無效。其實這跟它的作用機轉有關，因干擾素會刺激免疫系統活化更多的T細胞、自然殺手細胞以及CD8+等細胞；針對受感染的肝細胞作攻擊與清除，導致更厲害的發炎反應，因此臨床上會出現肝指數的上升發作。這情形較常發生在HBe抗原陽性病患身上。基本上，這對病患而言，不見得是不好的反應。反之，這表示干擾素將免疫系統啟動了，對病人的最終療效，可能有所幫助。這種臨床表現和使用口服類核?（酸）藥物的情況是不同的。

文獻顯示這些由宿主所引發的免疫反應，導致治療中肝指數的再發作，可讓原本一些難治療的族群，達到較好的療效(Nair等，2001）。另外Flink等學者（2005）也發現：在出現肝指數發作後，血清病毒數下降幅度可能更明顯。因此，這對在接受干擾素治療的B型肝炎病患，應是一個相對好的現象，可能有助於療效，不必過於害怕。

然而，這種現象並非全然安全無慮；極少數的病患，特別是有肝硬化或嚴重肝纖維化的病人，可能因肝臟發炎反應過頭，導致肝臟無法代償，引發急性肝衰竭的危險。若肝指數持續升高可能導致危險時，須及時停用干擾素，以免造成傷害。負責治療醫師應向病患解釋其理由，並小心評估，以確保治療療效和安全性。