圖書館成立之宗旨為負責蒐集、整理、提供院內醫療及所有工作人員於臨床、教育、研究及其他業務上所需之資訊，並致力於推展即時、正確及創新之服務。

本館自民國六十五年底開始籌設，並於六十六年正式成立，初名為「圖書室」，設置於台北門診中心十二樓，作為醫療教學支援服務的基礎設施之一。民國六十八年九月，配合林口醫學中心之啟用，於林口醫學中心地下室增設林口館（即總館），並隸屬於院長室下轄之醫教課，逐步建立以臨床服務與醫學教育為導向的資訊支援體系。

民國七十三年三月一日，林口館遷至病理大樓十三樓，民國九十二年一月，圖書室正式遷至教育大樓一樓，並於九十三年更名為「圖書資訊課」，展現結合資訊資源與數位服務之發展方向。

為強化教學資源整合與管理，民國一百年二月一日起，圖書資訊課調整編制，納入教學部。民國一百零九年，圖書館遷至綜合大樓C棟地下一樓現址，提供更完善與現代化的服務設施。