本館於民國六十五年底籌設，六十六年成立，設置於本院台北門診中心12樓；六十八年九月配合林口醫學中心開放服務，於林口醫學中心地下室增設林口館(總館）；七十三年三月一日遷至林口病理大樓13樓；九十二年一月遷至教育大樓一樓 ；一百零九年遷至綜合大樓C棟地下一樓現址。

民國七十四年五月一日，配合基隆長庚醫院之成立，設立基隆圖書館並展開服務。民國九十六年一月二日情人湖圖書館開放使用，以擴展對基隆情人湖院區之服務。

本館成立之宗旨為負責蒐集、整理、提供院內醫療及所有工作人員於臨床、教育、研究及其他業務上所需之資訊，並提供鄰近醫療人員相關參考資訊。館藏之徵集範圍，亦以上述宗旨為目標。