神經專科乃是專門研究治療神經系統疾病之醫學。神經系統則包括，大腦，顱顏神經，小腦，脊髓，及周邊神經肌肉。常見之病症如頭痛，暈眩，抽筋，昏厥，肢體無力，麻木，顫抖，痴呆，背痛，步態不穩，感官異常等。一般而言神經系統疾患好發於年齡較大之族群，因此在雲林嘉義地區，老年人口相對較多數，本科之設立可以為本區民眾做更多醫療服務及健康維護之貢獻。
鑑於本科體系日漸龐大發展，本科於2014年07月起，提升為神經系，2019年7月起改為神經科部。
以下功能性分為三科：
一、腦血管暨一般神經科。
二、癲癇暨周邊神經科。
三、運動障礙暨失智症科。
本科目前所提供之服務為：
1. 腦中風之治療與防治：
腦中風目前仍高居台灣十大死因第四位，對於老年人口之健康是一大威脅。造成腦中風之危險因素有很多，例如高血壓，糖尿病，高血脂症等，因此針對各種危險因素去做腦中風之防治才是根本之道。本科採用神經超音波儀進行頸部及穿顱超音波檢查，期待能早期篩檢出高危險族群並進一步發展腦頸動脈血管內之積極性治療。
2. 癲癇：
本科採用最先進之數位影像腦波儀，為癲癇症病患做最詳盡的診斷及治療，並成立腦波監測中心，發展癲癇手術治療，引進各種新型抗癲藥物進行臨床測試。
3. 運動障礙：
老年神經疾患中有很多會產生運動障礙，如巴金森症候群，痙攣抽搐，肌張力不全，顫抖等。本科並提供局部肉毒桿菌毒素注射，提供半邊顏面痙攣症、中風肌肉痙攣病患注射之服務。