本部設有完整的醫療品質監控系統，隨時監控、改善本部的服務水準，期望能提供給病患最佳的醫療檢驗服務品質， 並透過品管圈(QCC)、根本原因分析(RCA)、失效模式效應分析(FMEA)方法，以持續改善提昇檢驗品質。
特設置下列品質手冊:
設立品管規範程序
執行完整的內、外部品管計劃
設立完整的醫療品質監控指標
加強醫檢宣導、設置檢驗手冊

本部設有2名教學品管醫檢師，專門負責安排醫技學生實習的教學。每週一次Lecture講解原理、分組實際操作、unknown sample test、參觀捐血中心、每位學生之Seminar、並與學生舉辦座談會以達到教師與學生雙向溝通之目的，使醫技學生的實習有更佳之成效。本部亦接受別的醫療院所人員前來本部受訓，增進醫事技術交流，提升中小醫院醫療服務品質。我們十分重視醫檢師在職教育訓練，因此在部內舉辦許多種教育訓練的教學活動，包括全科部性演講、各組性研討會、臨床醫師教學、外賓演講等型式。除了部內教育訓練外，我們也鼓勵醫檢人員參加院外的在職教育訓練。為提升醫檢師整體學歷水準，鼓勵人員進修博碩士學位。

本部發展的目標是建立全國性醫學檢驗諮詢實驗室，開發各項特殊檢驗，增加臨床檢驗項目，並提高對院內、院外的臨床檢驗諮詢服務作業。本醫學檢驗諮詢實驗室除了執行一般例行的檢驗項目外，並發展下列數個較俱特色之檢驗中心：

(一)病毒研究檢驗中心
快速病毒鑑定、病毒流行病學之研究

(二)分子生物檢驗中心
染色體檢驗實驗室。
傳染性疾病之診斷。
腫瘤之分子生物診斷。
個人化醫療基因篩檢。

(三)器官移植相關檢驗
細胞遺傳及染色體檢查。
病毒感染之分子生物診斷。

本部為美國病理學會(CAP)認證實驗室，且為衛生福利部疾病管制署傳染病檢驗認可機構，並於2016年獲得國家生技醫療品質銀獎