高雄長庚骨科目前有四個主要次專科，分別為運動醫學科，關節重建科，脊椎科及外傷骨科；各次專科特色如下：
運動醫學科－本科特色於非手術方面：應用體外震波再生技術，治療慢性肌腱炎、鈣化性肌腱炎、骨折癒合不良及股骨頭壞死等疾患，成功率高達80－90％。手術方面：採用先進電腦導航手術技術，應用於人工膝關節置換手術，及骨折重建手術。肩、髖、膝、踝關節內視鏡微創手術，治療關節軟骨、韌帶及肌腱之修補及重建。
關節重建科－本科特色：(1)對於膝關節及髖關節置換，採用微創手術法，在有限的傷口大小裡，置入角度完美的人工關節(2)於1988年3月成立南部首座骨骼銀行，應用異體骨移植應用於骨癌手術，人工關節失敗後之重建，骨折癒合不良及股骨頭缺血性壞死的成效頗佳(3)複雜性人工關節感染，採用二階段手術。在感染的關節裡，置放高劑量的假體模型，維持關節活動度及縮短住院天數。
脊椎科－分工合作致力於各種脊椎相關疑難雜症的診斷及手術治療，將微創技術及觀念融入傳統手術中，提供病患選擇最適宜的治療方式及完整的醫療照護。對於年紀大病患常見的骨鬆及脊椎骨折，提供全方位骨鬆檢查衛教，骨鬆藥物治療及骨水泥注射治療。2015年更引進術中電腦斷層結合導航系統(iCT)，超音波骨刀以及術中顯微鏡，對於脊柱側彎，脊椎腫瘤，脊椎感染及脊椎術後翻修等困難病例，提升手術的精準確度與提高病患的安全性。脊椎內視鏡手術技術的引進及發展，也讓病患有更多的治療選擇。高壓氧治療中心引進德國Haux大型多人艙體，並為南台灣首度與世界級競技運動結合，強化訓練成效及選手表現。
外傷骨科－對於各種上肢、下肢及骨盆的骨折外傷，力求達到最完善的醫療水準，提供病患最優質的服務。尤其在複雜型骨折、開放性骨折、肩胛骨、肋骨和骨盆腔嚴重骨折，以最高超的手術技巧及團隊照護，達到最精緻的骨外傷醫療服務。
一、經關節內施行肌腱修補手術，堪稱為南部此類手術之先驅與重鎮。
二、微創人工膝關節及髖關節置換及南台灣複雜人工髖關節及膝關節重建及治療人工關節感染。
三、脊椎畸型矯正及退化等相關手術有相當成果，並利用最新立體定位導航系統及術中及時電腦斷層(iCT)施行複雜之手術，為南部少數此類手術之重鎮之一
 四、異體骨移植應用於骨癌手術，人工關節失敗後之重建，骨折癒合不良及股骨頭缺血性壞死成效頗佳
 五、體外震波之基礎研究骨科應用在本院有相當傑出的成果，對骨折癒合不良、慢性肌腱炎、肩部之鈣化性肌腱炎及股骨頭缺血性壞死提供微創性之治療。
六、 吸取美國與日本醫學之精華：在髖關節脫臼疾患由出生至老年，由最基本的吊帶治療至複雜的切骨術或人工股關節置換，達到全方位的治療(如圖ab) 。在肩部疾患，透過最新且精確的檢查及改良的手術方法或關節鏡達到最好的治療效果並發展基礎研究，使醫療更上層樓。
七、高壓氧治療中心對於頑固之慢性骨髓炎、癒合不良之傷口、放射線組織壞死、股骨頭壞死及許多臨床與血液循環不良或缺氧有關之疾病均有相當的療效。
八、骨科研究室，從事生物力學及分子生物學有關基礎研究及動物實驗，包括：震波促進骨折癒合之原理研究，關節軟骨修復之動物實驗與骨新陳代謝變化之探討。
九、運動醫學中心引進日本鳥取特色運動負荷訓練設備，提供國家級及職業級選手高端運動復健訓練。