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本科系於民國75年1月1日與本院（高雄長庚醫院）同時成立，開始時只有三位主治醫師，之後陸續有其他生力軍加入，如張簡吉幸、邱世賢、李全謨、郭仲煌、陳志州、趙景華、蔡成枝、胡琮輝、許家彰、盧勝男、王景弘等。
期間歷經七位主任（戴達英、張簡吉幸、盧勝男、李全謨、胡琮輝、邱逸群、陳建宏）的帶領下，服務陣容日益茁壯，目前可說是南台灣第一大消化內科。民國91年7月符合規定正式由科提升為科系，現任系主任為
洪肇宏醫師，兩位副科系主任戴維震、吳鎮琨醫師、蔡明釗醫師，分別負責肝臟科、胃腸科及膽道胰臟科各專門領域的教育訓練、臨床醫療及研究發展。
目前，本科系有34位主治醫師、5位臨床研究員、15位技術師、3位庶務員、1位肝病防治師、1位血清管理員。另有內視鏡室中心、腹部超音波室、逆行性膽道攝影室、逆行性膽道攝影室、肝病中心及肝病實驗室。
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