長庚兒童醫院兒童外科於民國82年4月4日成立，由原來隸屬於長庚醫院外科部之下獨立出來，正式掛牌在兒童醫院作業。第一屆科主任即由原小兒外科暨童醫院籌備處主任林哲男醫師出任，共有兩位主治醫師：王桂良及駱至誠醫師。黃振盛醫師於83年8月加入主治醫師行列，王桂良醫師因個人生涯規劃於83年11月離職後，本科維持3位主治醫師。85年5月由駱至誠醫師出任第二屆科主任。85年7月賴勁堯醫師由馬偕醫院轉任本院，隔年，即87年7月台大陳正昌醫師加入後，共5位醫師。91年10月1日張北葉醫師由馬偕醫院轉任本院兒童外科主任後，達到有史以來主治醫師數最多（共6位）最堅強的陣容。未久，林哲男醫師於92年元月接受禮聘於中國醫藥大學擔任中國醫藥大學兒童醫院院長。黃振盛醫師亦於95年6月轉任職台北萬芳醫院小兒外科。 96年8月明永青醫師經由本院實習、住院醫師總醫師訓練後成為本科主治醫師生力軍。102年7月資深副教授駱至誠醫師申請退休並轉任萬芳醫院。103年7月1日張北葉醫師卸任科主任，交棒賴勁堯醫師昇任新科主任。8月1日楊曉文加入新任主治醫師行列，旋於5年後，即108年8月15因個人生涯規劃離職。
小兒外科在長庚兒童醫院成立後，由原來的小兒外科擴大為兒童外科且開始服務十八歲(含)以下的大小病患。兒童外科由林哲男副院長於1978年首創後，歷經30載的經營，已具有相當的規模。本科現有4位專任的主治醫師，每人除了專精於一般常見的兒童外科手術外，個人還有其特別的專長及研究的興趣。
