公車捷運系統(BRT)
  【頭班車06:00;約20分鐘一車次】
嘉義客運
  朴子-大糠榔-長庚醫院
【頭班車07:00;約30分鐘一車次】
布袋-朴子-長庚醫院
【頭班車07:30;約60分鐘一車次】
塭港-朴子-長庚醫院
【頭班車07:00;約60分鐘一車次】
嘉義縣公車
  嘉義-水上-太保-長庚醫院
【頭班車05:50;約30分鐘一車次】
朴子-大糠榔-長庚醫院
【頭班車06:10;約30分鐘一車次】
布袋-朴子-長庚醫院
【頭班車06:20;約60分鐘一車次】
嘉義-蒜頭-雙溪口-長庚醫院
  【頭班車08:45(嘉義市發車);請參閱服務台時刻表】
台鐵火車
  台鐵嘉義站後站下車後搭乘公車捷運系統(BRT),經高鐵嘉義站等到達長庚醫院
【頭班車6:00;約20分鐘一車次】
飛機
  搭機至水上機場,轉乘計程車至本院(約25分鐘到達)
省道
  台一線(水上)轉168號縣道西行往太保、朴子方向約15分鐘車程(醫學第二大樓)
     
高速公路
  1. 國道一號經水上交流道下轉168縣道,西行往太保、朴子方向約10分鐘車程
2. 國道三號接82號東西向快速道路由嘉義縣政府下出口,朝北達168號縣道,往西向即可到達。
  (下82號快速道路後後約5分鐘到達)
本院備有汽機車停車場,訪客汽車停車場每日收費最高90 元。