近年來，中間型螢光原位雜合(interphase FISH)被用來作常見染色體異常的著床前遺傳診斷(尤其對於大於40歲，屢次流產和多次試管嬰兒失敗者)，除了可以避免出生染色體異常(autosomal trisomy and sex chromosome aneuploidy)的胎兒，有報告稱可以增加胚胎著床率減低流產率。 

試管嬰兒胚胎(6-10 cells時期)，經過顯微手術切片，取出1-2個胚葉細胞(blastomere)檢查，再植入該胚胎，並不影響其著床和發育。對單一胚葉細胞，同時用染色體13, 18,21,X和Y作探子(probe)作multi color FISH (其中13, 21是Locus specitic而非13/21-αstellite探子)的protocol，有高達95%的hybridization effieciency。FISH訊號除了正常diploid外，有異常monsomy, trisomy, polyploid等，作胚葉細胞FISH實際上碰到的問題是：(1) 作胚胎切片時，胚葉細胎可能破裂(3%)。 (2) 胚葉細胞在固定時可能從戴玻片上流失(4%)。 (3) 作FISH後訊號無法分析(3-5%)。 (4) 由於訊號分裂和靠近(split signals)和雜合區域重疊(domain overlap)，FISH結果會有假陽性(12%)把正常胚胎當成異常和假陰性(5%)把異常胚胎當作正常，後者若植入將發生問題。另外用單一胚葉細胞作PGD的困境：(1) 單一細胞檢查是否能代表整個胚胎，因為該胚胎可能有鑲嵌型(mosaicism)。 (2) 取到了多核胚葉細胞(multinucleate blastomere)，FISH出現polyplid訊號是否有代表性？ 

作卵子(第一)極體切片(1^st polar body biopsy)後，並不影響胚胎的著床和日後的發育，作極體FISH旨在找出卵子減數分裂發生Non-disjunction錯誤。第一極體切片在取卵後，隨即用顯微技術取出，用X, Y, 18, 13/21或X, Y, 18和16探子作FISH，發現極體異常有disomy和nullisomy是由non-disjunction造成，而失去或取得一個monad是由不平衡的pre-division造成若第一極體分析失敗，可再取第二極體(2^nd polar body)或在insemination後同時取出第一和第二極體，由於predivision造成chromatids分開和chromatid重疊的問題，FISH發生錯誤在7-10%。當然極體切片分析最大的限制還是在精子造成的異常(paternal contribution to aneuploidy)無法檢查到。 

胚胎胚葉細胞檢查和卵子極體檢查，各有其限制。若將二者合併，應可以提高其著床前診斷率。