本科又細分為胸腔外科、心臟及血管外科。胸腔外科由呂明憲醫師負責，為嘉義縣市少數胸腔外科專科醫師之一。處理各類肺部、食道、縱膈腔、肋膜 及「微創」胸腔鏡手術 。同時呂醫師亦負責外科加護病房，對於加護病房重症治療，有深入的研究。
------心臟血管外科由黃耀廣醫師帶領，主要是治療心臟 (如冠狀動脈/瓣膜/主動脈疾病)、周邊血管(如足部缺血/靜脈曲張)和洗腎通路手術(動靜脈廔管/植入式洗腎管)。2011年九月，林建兆醫師由林口總院調任嘉義，不但再次提昇心胸血管外科的水準(如葉克膜維生系統及大血管手術), 本科也開始有互相支援的心臟血管外科醫師，提供鄉親穩定的心臟血管手術，同時成為院內同仁和諧可靠的後盾。
------目前本科臨床服務方面，已穩定發展，並與其他長庚院區同步更新。唯研究教學，仍有待進一步努力，以跟上世界潮流。正在進行研究主題為加護病房重症研究、大動脈感染及重大心血管創傷。
------在醫療環境艱困，醫病關係緊張的台灣，繼續從事心胸外科等重症科，除了須要興趣之外，多少也要有一股傻勁。一年來在嘉義縣行醫，看到種種老年化社會的問題，更加了解堅守崗位的重責大任。感謝辛苦的醫護同仁的付出，也希望各位鄉親多多鼓勵，讓本科能在嘉義，生根，茁壯。
