阻塞性呼吸器官疾病：氣喘、慢性阻塞性肺疾(慢性支氣管炎、肺氣腫)、呼吸道異物、阻塞性睡眠呼吸中止症。

過敏性呼吸器官疾病：氣喘、過敏性鼻炎、過敏性肺炎。

感染性呼吸器官疾病：感冒(急性上呼吸道感染)、急性氣管支氣管炎、肺炎、肺膿瘍、膿胸、肺結核。

胸腔腫瘤：良性及惡性之肺、呼吸道、縱膈腔、肋膜、胸壁腫瘤。

肋膜疾病：肋膜積液、肋膜炎、肋膜腫瘤、氣胸 、血胸、乳糜胸。

呼吸衰竭：各式各樣疾病引發之呼吸衰竭。

加護重症: 非心因性之內科重症，如重度感染、敗血性休克、急性呼吸窘迫症候群。

戒菸

其他：如塵肺症、支氣管擴張症、咳血、肺栓塞、肺纖維化、中樞性睡眠呼吸中止症。

胸腔超音波 (Chest ultrasound)： 以高解析度的超音波針對胸廓、肺部、肋膜及橫膈進行檢查及治療，其內容包含細針抽吸、腫瘤及肋膜切片生檢及胸腔引流 等。 胸部超音波對肋膜積液檢測的敏感度與胸部電腦斷層掃瞄相當，且比電腦斷層節省大量時間，並可避免暴露於放射線下；在超音波定位下進行各項前述檢查均相當迅速安全。

支氣管內視鏡(Bronchoscopy)： 以內視鏡設備對呼吸道進行檢查及治療，包含呼吸道及肺泡灌洗、呼吸道細胞刷檢、經呼吸道細針抽吸 （縱膈腔淋巴結或腫瘤）、腫瘤、呼吸道上皮及肺切片生檢、呼吸道異物移除、呼吸道電燒止血及阻塞打通、呼吸道支架術等。 未來更將引進支氣管超音波檢查，以支氣管內視鏡接近肺內深部病灶，再以超音波進行病灶評估與定位、組織抽吸，以提高診斷機率。

肺功能 (Pulmonary function)： 包含靜態的流量計、支氣管擴張試驗、流量-容積圖、支氣管激化試驗、 肺容量檢查以及動態的運動肺功能檢查。肺功能檢查可以評估病人日常生活功能的侷限性，疾病嚴重程度，阻塞性肺部疾病對支氣管擴張劑治療前後的反應評估，協助擬定肺部復原計畫，評估肺部復原運動療效，以及手術前肺功能評估等。

睡眠檢查： 診斷睡眠呼吸中止症，鑑別中樞性或阻塞性睡眠中止，評估治療療效。

結核病檢驗： 結核菌抗體（抽血檢驗）。適用於結核菌痰液培養初步結果為陰性但臨床上仍高度懷疑為肺結核或肺外結核感染的病人，作為一輔助診斷工具。

過敏原篩檢 (Allergen screening)：ECP、Total IgE、Phadiatop、Specific allergen panel screening（抽血檢驗）。 篩檢出病患可能的過敏原，才能在日常生活中予以避免，減少過敏性疾病（如氣喘、過敏性鼻炎、蕁麻疹等）發作頻率。