牙周病形成的主要原因,是由細菌所引起,只是菌種不同。在牙齒與牙齦交接地方的牙齦溝,如果口腔衛生不良,在裡面堆積食物殘渣,就會形成牙菌斑。細菌本身和它所產生的毒素會滲入牙齦造成發炎反應,破壞牙齦纖維。牙菌斑在口中逐漸鈣化,形成牙結石,牙結石凹凸不平的表面又會吸附大量細菌,造成牙齦腫脹發炎。因此牙菌斑就是牙周病的致病原因。
另外其他的因素也會影響牙周組織的健康。例如飲食及吸煙都會影響口腔健康。營養不足的飲食會降低身體對抗疾病感染的能力。而吸煙或使用煙草的人,牙齦所受刺激的程度要比不吸煙的人來的高。壓力也會影響身體對抗疾病的能力,影響免疫系統功能,對疾病的抵抗力就變差了。全身性疾病也會影響身體的免疫系統,牙周惡化的情況會更嚴重。另外,婦女在懷孕時期因賀爾蒙的改變,會引起牙周疾病。