中國傳統醫學是中華文化的精華，五千年來一直護衛著中華民族廣大人民的健康，也深受台灣民眾的喜愛，因此長庚醫院在王永慶董事長的指示之下，於八十五年七月率先在林口院區成立中醫科系，受到各界的讚許，和民眾的信任。然而南部一直缺少兼具傳統精神和現代科技的中醫機構，於是高雄長庚醫院在王清貞院長的大力推動之下，於八十九年七月亦成立了中醫科系，以服務及照顧南部的民眾。

目前高雄長庚中醫科系分為中醫內科及針傷科。中國傳統醫學，近年來已受到世界各國的肯定，無論是中草藥的研發，或針灸的研究，質與量均與日俱增。本院中醫科系的發展朝臨床、教學、研究三軌並重的方向進行。這三年餘，除大力延攬及培育人才之外，並推動多項研究計劃的進行，期能以科學的方法逐步揭開中醫藥的奧妙，為現代醫學創造新的成果；並為傳統的中醫學術找到科學的理論基礎。

中醫藥臨床運用已有幾千年的歷史，進來亦逐漸為世界各國所接受。如何運用現代科學研究，找出更有效的中醫藥治療方法，以及對古人流傳下來的寶貴經驗，予以發揚光大，已成為世界潮流，也是本院中醫部的目標。

因此中醫傳統理論的研究及古代珍貴典籍的研讀，乃成為一位優秀中醫師的必要訓練過程，唯有紮實的中醫根基，結合日新月異的現代醫學，才在臨床治療上得心應手。

另外，為了落實中西結合的教學訓練，本部將建立與大陸中醫相關專業院所之院外教學合作計畫，以及加強西醫相關科系的合作交流。