本專科主治因免疫系統異常所引起之各種兒童疾病
包括三個細分科：
一、 過敏科：
常見疾病為過敏性氣喘、過敏性鼻炎、異位性皮膚炎及蕁麻疹。兒童過敏性疾病的罹患率和嚴重度，有逐年上升的趨勢，以氣喘為例，台灣地區的盛行率在過去20年中已增加8倍，高達10.97％左右，已成為學童最重要的慢性疾病。而過敏性鼻炎更是有過之而無不及。因此必須藥物與環境控制雙管齊下才能收事半功倍之效。目前我們著重胎幼兒期診斷與防治！
二、 免疫科：
包括先天及後天免疫功能不全的疾病，由於基因分子診斷的進步，這類疾病被發現的病人有逐年增加之現象。但診斷也不易，且死亡率高。許多小朋友動不動就感染，到底是不是免疫不全症？我們將藉著先進的實驗室檢查儀器，並鎖定嚴重感染和反覆感染的病童，以期達到早期診斷、及時治療的目的。
三、 風濕科：
兒童風濕病並不少見，且往往造成身心巨大的創傷及肢體功能不良，甚或死亡，例如紅斑性狼瘡和青年型類風濕性關節炎均為具侵害性之自體免疫疾病。我們希望配合其它各專科醫師，提供病童及家屬最佳的治療。
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成員
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本科目前有主治醫師三位主治醫師。
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臨床服務
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本科每年門診人數約一萬多人次，且本科在兒童醫院皆有設備完善的過敏、氣喘、免疫及風濕學基本設施，包括肺功能檢查機、多項目過敏原測定儀(MAST, CAP)等設施及配合實驗室齊全之分子生物基礎研究設備。可提供門診及住院病患最好之服務。且本科患童大部份為慢性疾病，故幫助患童及家屬瞭解病情、有效控制環境、加強使用藥物之遵從性、維持良好的生活品質，使患童能有一無憂且快樂的童年，是本科最高之服務宗旨！我們希望能結合各專科部門，做出全方位之治療，也因此特別強化門診衛教功能，務使家屬和病童本身充分了解各種過敏及免疫風濕病的預防和治療。另外，我們亦結合各方面人力、物力，定期舉辦氣喘兒童聯誼會，使病童、家屬和醫護人員面對面了解問題、解決問題。
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研究教學
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本科結合兒童醫院醫師及長庚大學臨床醫學研究所高雄分部相關的研究人員，教導有關過敏、免疫及風溼學等相關之基礎醫學知識，以達成兼顧臨床、教學及研究的目的,期望接受訓練後之住院醫師、研究員及主治醫師皆能有獨立之臨床診斷、治療、教學和研究 各種疑難免疫過敏和氣喘等疾病之能力。今後兒童過敏免疫風濕科將來以培育同時具有專科醫師及博士學位的臨床科學家為主,期能進一步加強兒童過敏氣喘風濕科之研究陣容，提高本院之學術地位。
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基礎醫學研究
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除了承繼高雄長庚兒童醫院原有的臨床優勢外，配合長庚大學臨床醫學研究所高雄分部博碩士班及學分班。本科成立了專屬之臨床及基礎醫學實驗室，配合研究計劃之擬定與執行，對基礎分子生物學和免疫學之研究已有大幅的進展，並配合其他科同好，共同為基礎醫學研究貢獻一份力量，目前已可以提供產前預測過敏病的分子診斷，以及嬰幼期過敏與非過敏性氣喘的區分方法。