出現厭氧感染的臨床線索有,感染發生緊鄰黏膜表面、感染組織中有氣體出現、感染發生在necrotic avascular tissue(壞死的無血管組織)、Gram stain發現有多樣性混合菌叢、嗜氧培養無菌生長但Gram stain可看見有細菌、使用抗生素aminoglycosides後產生感染、septic thrombophlebitis(敗血性的血小板癆)以及一些可能懷疑有厭氧感染的臨床現象如septic abortion或postgastrointestinal surgery。 無菌部取得的檢體可做厭氧菌的分離。若檢體取得部位有正常厭氧菌叢,如中段尿、痰、糞、陰道分泌物、鼻部、腸道、皮膚等,則不適合。
糞便若針對Clos. difficile或由開刀房或經膀胱穿刺取得的尿液可作厭氧分離。 因傾向與嗜氧菌或兼性厭氧菌造成混合感染,建議同時送嗜氧培養。