甲狀腺過氧化酶(Anti-Thyroid Peroxidase Ab)是一種分子量約為107 kD、與膜結合之醣蛋白酵素，其在體內的功能為參與甲狀腺素T3和T4合成時的酪氨酸（tyrosine）碘化作用。體內對於甲狀腺過氧化酶產生的自體免疫反應被認為是多株且異質性的，其最少有由構造性及線性抗原表位同時組成的6個抗原決定位置可被自體抗體辨認。此外，每個病人之各類（IgG或IgM）或亞類（G1-G4）免疫球蛋白的比例及其親合力也大不相同。和甲狀腺球蛋白抗體（anti-Tg）不同的是，甲狀腺過氧化酶固定補體之自體抗體可能具有毒性，且在（破壞性）自體免疫甲狀腺疾病中扮演了致病性的角色。

大部分的橋本氏甲狀腺炎(Hashimoto's thyroiditis)、原發性黏液水腫（Primary Myxoedema）及葛雷夫氏症(Grave's disease)病患通常可同時發現到甲狀腺過氧化酶抗體及甲狀腺球蛋白抗體。自體免疫甲狀腺疾病與懷孕的關聯性一直是大家對於確認產後甲狀腺疾病症候群非常感興趣的議題。甲狀腺過氧化酶抗體明顯可見於大部分的產後甲狀腺炎( post-partum thyroiditis )，同時已有人發現懷孕早期若有自體抗體的存在，發生無症狀性產後甲狀腺功能低下的危險性很高。

在缺乏甲狀腺球蛋白自體抗體時出現甲狀腺過氧化酶抗體是很常見的，尤其是患有小甲狀腺腫及高達64%的自體免疫甲狀腺功能低下的病人已被報告只有甲狀腺過氧化酶抗體而已。此外，甲狀腺過氧化酶抗體經常可發現於其他自體免疫疾病之患者，例如類風濕性關節炎(Rheumatoid Arthritis)、艾迪生氏（Addison’s）病及第一型糖尿病等。雖然這些自體抗體的臨床意義仍不明，但有20%的無症狀個體也可偵測到少量，尤其是老年人，而且女性多過於男性。針對自體免疫甲狀腺異常疾病的偵測，Anti-TPO Ab的敏感度及特異性都較Anti-Microsomal Ab高。