1. 本報告包含Oncomine Comprehensive Assay及腫瘤突變負荷基因檢測 (TMB)檢測。 2. 廣泛型癌症標靶藥物基因檢測(Oncomine Comprehensive Assay)可以偵測肺癌，結腸直腸癌，皮膚癌，乳腺癌，膀胱癌和甲狀腺癌等23種不同癌症種類的福馬林固定石蠟包埋組織(FFPE)樣本，在單一流程中可以同時偵測DNA和RNA上的單核?酸變異 (Single Nucleotide Variations, SNVs)、基因插入或缺失 (Insertions and deletions, indels)、拷貝數變化 (Copy Number Variations, CNVs)、以及融合基因 (Gene Fusion) 突變類型。各突變類型整體靈敏度約約96.98%、特異性約99.99%、再現性約99.99%。 3. 廣泛型癌症標靶藥物基因檢測套組包括161個基因，其中包括85種具熱突變點基因、48種全長基因、43種拷貝數變化基因，以及51種基因融合驅動(fusion driver)基因。此外，有15個基因可以對應目前FDA標示的66種腫瘤藥物、21個基因為28種癌症治療指引建議檢查的基因、121個基因與1,054多項全球臨床試驗有關。文獻數據顯示，與EGFR、BRAF與KRAS傳統基因檢測比對，靈敏度與專一性皆為100%。6-42%的樣本可以找到突變對應的治療藥物。NCI Match Trial中心檢驗室數據顯示，各突變類型整體靈敏度約96.98%、特異性約99.99%，四個實驗室的操作再現性為99.99%。每種突變類型的檢測極限為SNVs: 2.8%，small indels: 10.5%，large indels: 6.8% ，CNVs: 4 copies。德州大學安德森癌症中心操作121個癌組織樣本，包含13種癌症類型，可以找到148 SNVs、49 indels、40 CNVs，以及少數的融合基因。 4. 腫瘤突變負荷(Tumor Mutation Load)是評估癌症免疫療法反應的一種新興臨床生物標誌。過去需要透過全外顯子定序來進行偵測，最近研究顯示，使用目標基因定序也可以準確地計算腫瘤突變負荷，並且與全外顯子定序計算結果有高度的一致性。本檢驗採用Thermo Fisher Scientific 開發的Oncomine Tumor Mutation Load目標基因定序(409基因)，以S5 Plus Sequencer完成定序，平均定序深度>500X，Uniformity ?90%。定序數據透過Ion Reporter分析模組，可比對多種資料庫過濾生殖細胞變異(germline variant)。因此僅需腫瘤組織，而無需匹配的正常樣本，即可精確偵測體細胞突變(somatic mutation)，並進行 Mutation Load計算。 5. 依照FoundationOne CDx assay在非小細胞肺癌病人所作測試結果(CheckMate 227)，高腫瘤突變負荷 (?10 mutations/Mb) 的患者使用Nivolumab plus Ipilimumab的無進展生存率 (Progression-free survival)較化療患者長；而低腫瘤突變負荷 (<10 mutations/Mb) 患者的治療效果沒有明顯差異。因此，高腫瘤突變負荷可作為一種生物標誌，用於篩選可能對免疫治療反應較好的非小細胞肺癌病人；但此腫瘤突變負荷之閾值是否適用於其他癌症類別仍有待評估。 6. 本檢測方法為使用福馬林固定石蠟包埋組織(FFPE)，萃取出DNA與RNA，擴增基因片段後，再以次世代定序分析。廣泛型癌症標靶藥物基因檢測套組藉Oncomine Reporter用藥建議給予用藥資訊，而Oncomine Reporter為在藥物前期臨床試驗中，基因突變、適應症、癌種符合者才有對應之資訊。若為新發現之基因突變，則無可利用之用藥資訊。本套組目的為提供醫師用藥之建議，當若無用藥資訊之基因變異，則不會報告。此項檢驗結果僅依據Oncomine Reporter用藥建議給予報告，而隨著資料庫及分析軟體不斷更新，不排除未來可能有不同的臨床解釋。此外，腫瘤突變負荷(Tumor Mutation Load)是評估癌症療法的新興標記，目前腫瘤突變負荷之閾值設定在<10 mutations/Mb，但是否適用於其他癌症類別仍有待評估。此套組的檢驗是依據Ion Reporter分析模組給予腫瘤突變負荷報告，但無法用於預測療效。 7. 需搭配臨床檢測，檢驗結果僅提供臨床醫師參考。 |
