人類乳突病毒去氧核醣核酸的測試方法有很多種。一般可分為
去氧核醣核酸不放大,包括南方點墨法(southern blot), 圓漬點墨法 (dot blot), 原位雜交法(in situ hybridization)等;
(ii)去氧核醣核酸放大,採取聚合體鏈狀反應(polymerase chain reaction, PCR) 放大去氧核醣核酸的量,再用限制?切割成不同長度的片段(restriction fragment length polymorphism, RFLP)去辨別基因型,或基因型特異探針(type specific probes)或反轉點墨法(revert-blot methods)可以是狹縫點墨法(slot-blot)或巨視點陣或顯微點陣(macroarray or microarray)去偵測,也可直接定序(direct sequencing)
不放大去氧核醣核酸,只放大訊號(signal)的方法;例如目前美國FDA核發臨床用的唯一HPV的測試方法是Hybrid Capture II System (Digene, Inc., Silver Spring, Md),它基本上是一種DNA-RNA雜交再用anti-DNA-RNA hybrid antibody、及secondary antibody把訊號放大、酵素作用後釋放冷光,用冷光儀(luminometer)測量相對光度單位(relative light units [RLUs])。敏感度不錯,但缺點是13 種高危險型混合(high-risk types cocktail),無法知道那一種基因型且十分昂貴。
目前也已有多種十分敏感的聚合體鏈狀反應為基礎的人類乳突病毒去氧核醣核酸的測試方法。聚合體鏈狀反應缺點是太敏感,可靠性要十分審慎評估。
根據本團隊一年來與金車科技合作的經驗,已作過許多實驗步驟的微調,建立可用石蠟包埋組織所抽取的DNA或用抹片採檢器採集的子宮頸剝落細胞所抽取的DNA,可用此HPV Blot (Kingcar Food, INC., Taiwan),其敏感度及可靠度是可肯定的。其原理也是用共同導子(SPF1/GP6+)作PCR然後把DNA放大產物用revert-blot原理的巨視點陣式的排列39型HPV基因型(6, 11, 16, 18, 26, 31, 32, 33, 35, 37, 39, 42, 43, 44, 45, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 58, 59, 61, 62, 66, 67, 68, 69, 70, 72, 74, 82, CP8061, CP8304, L1AE5, MM4, MM7, MM8)一次雜交呈色就知道有無HPV DNA且是那一型或那幾型(圖一)。由本團隊的初步結果知道「多型」感染(multiple types)在子宮頸癌約佔10-40%,直接定序無法作「多型」的檢體(圖二),所以要印証基因晶片的結果,另外要再併用type-specific PCR(圖三),針對晶片上出現的亞型作更進一步的確定(一次作兩片晶片,結果吻合者不必另作type-specific PCR,兩片晶片結果的再現性約為95%)。傳統的type-specific PCR須對個別型別作一次反應,39個型別則需要作39次反應,利用此HPV基因晶片一次反應便可迅速而可靠的得知感染HPV與否,縮減了繁瑣的實驗步驟。
《圖一 》
《圖二 》
《圖三 》
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