(一)學術研究類:
近五年內研究績效傑出，並具備下列條件之一者:
1.研究成果能顯著提升我國國際學術地位。
2.研究成果對國家社會具有重大貢獻。

(二)產學研究類:
申請人近五年內應用研究成果或產業技術應用績效傑出，並具備下列條件之一者:
1.研究成果能顯著促進我國產業技術發展，突破現有技術水準並提升產業國際競爭力。
2.研究成果具前瞻科技創新性，對產業發展或國家社會具有重大貢獻。

(一)年齡在四十二歲以下（女性候選人在此年齡之前曾有生育事實者，每生育一胎得延長兩歲，但應檢附相關證明文件）。

(二)副教授、副研究員或相當職級以下。

(三)未曾獲得本部傑出研究獎。

計畫主持人即本要點所稱特約研究人員，須符合本會補助專題研究計畫主持人資格（已退休人員除外），且累獲本會傑出研究獎三次者。

(一)公私立專科以上學校校長。

(二)公私立學術研究機構主持人。

(三)中央研究院院士。

(四)相關學術領域教授五人。

(一)中央研究院院士。

(二)曾獲得本部學術獎。

(三)在國內外學術或專業領域上有與前二款相當之傑出貢獻。

(一)任職於各級政府機關、公私立研究機構(包括財團法人)、公私立大學院校、公民營企業機構，且其研究成果或設計係在服務機關工作期間完成者，得經由服務機關首長推薦為候選人，並在推薦書上加蓋該機關印信。

(二)隸屬於某一學會或團體之成員，且其研究成果或設計為該學會或團體所深切認識者，得由該學會或團體負責人推薦為候選人，並在推薦書上加蓋該學會或團體之印信。 凡我國國民任職於國外大學或學術研究機構者，得由所在學校或學術研究機構之主管推薦為候選人。

(三)我國國民從事醫、藥科技研究工作具有傑出成就者，均得由本會所組成的「醫藥科技人才發掘推薦委員會」推薦為候選人。

(四)卓越醫藥科技獎之研究成果或設計如屬數人之共同成就，但其中一人具有特殊貢獻者，應推薦此人為候選人。其特殊貢獻及所占比重、影響等，均應詳盡說明，作為評審之依據；其他共同工作人員所占之比重、影響等，亦應詳列，以作評審之參考。如所推薦之研究成果或設計獲得入選，以該候選人為受獎對象。

(五)前項所稱其他共同工作人員所占之比重、影響等，應經共同工作人員簽章同意或經服務機關加蓋印信認定。

(六)卓越醫藥科技獎之研究成果或設計如屬數人之共同成就，並共同列為創新或發明人者，推薦人應指定其中一人為候選人代表。

四十五歲以下，具醫、藥科技研究之能力，任職於國內各級政府機關、公私立研究機構(包括財團法人)、公私立大學院校、公民營企業機構，且仍繼續從事醫藥研究者，應經由所屬單位主管推薦為候選人。