臨床醫學與基礎醫學之發展息息相關,口腔也是身體不可分割的一部份。歐美牙醫學或口腔醫學的研究也由傳統的蛀牙、牙周病擴至整個顱顏面有關的先天性畸型(唇月咢 裂),生長發育,顱顏面功能(如顳顎關節疼痛、咬合、語言)等等。最明顯的例子即為美國國家牙科研究院(National Institute of Dental Research)於1998年10月為因應日益擴增的顱顏與牙科整合型研究方針,經國會通過,克林頓總統正式簽署改名為美國國家牙科暨顱顏研究院(National Institute of Dental and Craniofacial Research)。
  台灣近十年來,各牙醫學系也陸續成立相關的研究所10所。這10所研究所可區分成臨床牙醫學與基礎牙醫學兩大類。綜觀國內仍無類似整合牙醫學暨顱顏有關之醫學專科成立之顱顏口腔醫學研究所,所以長庚大學因應牙醫學發展方向,正式成立顱顏口腔醫學研究所。
  長庚紀念醫院牙科部經20餘年的發展已成為全國最大的牙科門診中心之一,提供優良醫療服務品質,且多年來訓練出專業及家庭牙醫師在全國各處開業服務。尤其近年來牙科與整形外科合作創立顱顏中心,提供唇月咢 裂、顱顏畸型、顏面外傷患者一完整性治療,更是長庚紀念醫院特色之一。除此之外,多位專科醫師們也積極參與投入臨床及顱顏口腔生理、口腔細胞組織工程之研究,與長庚大學機械研究所合作發展醫療自動化,與公共衛生學系合作發展預防醫學。基於此種科際合作之特色,以牙科結合顱顏面有關之臨床與基礎醫學科來設立『顱顏口腔醫學研究所』,期能促進學術交流、開拓整合型研究計劃方針、培養專業人才,並提高醫療服務。
  結合顱顏口腔醫學之臨床專科與相關之基礎醫學,以團隊合作方式,提昇顱顏口腔功能及美觀。
一、提昇顱顏口腔醫學之教育品質
  a. 以多元化入學方式,錄取優秀學生。
  b. 提供教師進修管道,促進教學相長。
  c. 配合專科醫師訓練制度,訓練具有自我改善能力的專科醫師。
二、提昇顱顏口腔醫學之研究品質
  a.結合臨床醫學及基礎醫學相關學科,應用最新醫學知識於顱顏口腔醫學領域。
  b. 結合電腦科技最新發展,促使顱顏口腔醫療自動化。
  c.積極爭取各種研究經費資源,創新研究領域。
三、積極與國際顱顏口腔醫學接軌
  a.邀請國際學者擔任客座教授。
  b.接受國際研究生,英文教學推展種子醫師計劃。
  c. 發展國際研究合作計劃,促使本所研究生根與深耕。
一、顱顏口腔生理功能及生長發育:
  咬合、吞嚥、語言為顱顏口腔生理重要功能,發展現有生理實驗設備,針對上述功能提供對唇月咢 裂之語言問題、吞嚥困難(如中風、唐氏症)以及咬合不良之功能改善。同時提昇顱顏口腔生理功能之基礎醫學研究。長庚紀念醫院顱顏中心已收集萬餘位唇月咢 裂及顱顏畸型生長發育資料(包括齒模、口內外相片、測顱X光片、全口X光片)。並可整合數位影像三度空間處理技術,提供頭顱顏面生長發育及治療手術的理論基礎。
二、顱顏口腔細胞生理組織工程:
  了解細胞組織間相互作用如細胞轉移及分化,細胞間交互作用、細胞介質傳導、細胞基因機轉控制、生長因素作用、鈣化、牙齒形成及生長、骨骼及纖維細胞之形成及作用,均會影響臨床醫療之觀念及成效。本所成立後將朝人工培育耳朵及牙齒,牙周膜再生的方向發展。
三、顱顏口腔醫療自動化:
  電腦輔助工程設計與製造促使醫療自動化更為具體可行。在長庚大學機械研究所密切配合下,顱顏義齒、義耳自動成形、3度空間顱顏自動定位亦逐漸落實,顱顏口腔醫療自動化將成為未來醫療趨勢。
四、預防口腔醫學:
  預防勝於醫療,針對人類最多的疾病-蛀牙及牙周病二項做各種預防,方法的探討、公共衛生學的調查及社區醫療服務。