自民國六十五年長庚醫院成立之初，牙科即已成立。當時僅有牙科治療椅六台，而且是大人,小孩一起看診.也沒有次專科的成立。後來逐步分科,初期與矯正科合併為小兒及矯正牙科，由鄭文韶醫師擔任主任。期間陸續有鄭彩幸醫師及陳清華醫師擔任兒童牙科專任主治醫師。
　　民國七十六年，蘇惠麗主任延攬在美國密西根大學獲得兒童牙科碩士學位的蔡宗平醫師回國，一起努力提升國人對小朋友嚴重齲齒等口腔疾病之重視及提高就醫率，並積極培養優秀的兒童牙科專科醫師。陸續在本院兒童牙科完成專科訓練並取得兒童牙科專科醫師資格的醫師共有十六位，其分布於台北,基隆，台中，彰化，嘉義等全國各地甚至香港地區。
　　七十七年兒童牙科自小兒及矯正牙科中獨立分科成為兒童牙科，由蘇惠麗醫師擔任主任.為了提供對小朋友更完整的口腔醫療照護，率先針對兒童提供獨立專科門診,奠定了日後發展的基石。
　　民國八十三年九月，台北牙科整建，兒童牙科由前棟五樓移至目前前棟六樓現址，兒童牙科專屬治療椅由六台增為十台，隔離室由三間擴增為五間。八十五年九月蘇惠麗醫師改任兼任主治醫師，由蔡宗平醫師接任主任，期間仍持續加強小朋友齲齒醫療照護，更加強兒童牙科專科醫師訓練及培養。
　　民國九十年七月蔡宗平醫師改為兼任主治醫師，92年主任一職由原林口長庚兒童牙科主治醫師黃雯熙主任接任至今。
提供兒童及特殊病患第一線口腔保健預防諮詢服務
兒童及青少年完整專業精緻口腔醫療及嚴格定期追蹤
兒童牙科之臨床及基礎醫學研究
見習,實習醫師及住院醫師之一般兒童牙科之教育訓練
兒童牙科專科醫師之養成教育
　　小兒口腔診斷，小兒口腔門診手術，定期保健塗氟處置，口腔衛生保健諮詢輔導、兒童牙體復形治療、兒童牙髓根管治療，乳牙及青少年恆牙外傷處置，全身麻醉全口重建手術、早期齒顎生長發育矯正治療、小兒補綴裝置，門齒美觀漂白，重症病童口腔醫療照護、特殊需要兒童門診以及兒童醫院會診及急診等。
　　台北兒童牙科從草創時期至今,現有四位主治醫師,三位兼任主治醫師,二位專科住院醫師,四位輪訓醫師,一位實習醫師,加上五位經驗豐富的專科護理護士,一位事務助理,共同提供每位小朋友最好的牙科照顧.
　　在與其它科系間的科際合作方面交流密切,除與牙科其他各科,如牙科系的一般牙科,口腔外科,義齒補綴科,根管治療科,牙周病科等均有連繫外；小兒科系的兒童血液腫瘤科,兒童醫學遺傳科,兒童感染科,兒童心臟內科,兒童心智科等均有配合交流合作,以提供全面性的口腔醫療,更進一步提供身心障礙及重症病童的口腔照護。
　　兒童牙科周一至周六每天上下午均有不同醫師負責門診，當次門診時間主要為全口牙科檢查，訂定整體治療計畫及解說，家中齲齒預防工作之教導。治療部分由約診時間進行。
　　本科之教學研究成果方面，已獲中華民國兒童牙科醫學會認証為國內僅有數所專科醫師訓練機構之一。各級住院醫師在主治醫師指導下，每年均提出全國性論文報告，加強學術交流；在科內每週亦有3次會議，包含文獻回顧、問題導向式病例討論、專題讀書會等，增進醫學新知。前主任蘇慧麗醫師，蔡宗平醫師，林口顱顏牙科陳翊綾醫師均參與門診教學，對於各級住院醫師之臨床學習有莫大幫助。