由專門醫師以高層次超音波檢查胎兒細部構造，以排除胎兒重大缺陷或畸型。

　　　最佳時機：妊娠20至24週。此時期胎兒大小適中，超音波檢查員易於檢查細心構造。若大24週亦可檢查，但因為胎兒較大，有些構造因擠壓而不容易觀察清楚。

兔 唇

那些人要接受高層次（第二層級）超音波檢查

• 常規檢查中懷疑有胎兒畸型者
• 前胎曾有胎兒畸型者
• 母血篩檢數值異常偏高或偏低者
• 胎兒生長遲滯者
• 羊水量過多或過少者
• 高齡孕婦卻未接受羊膜穿刺術者
• 妊娠早期服用藥物者
• 懷孕合併內科疾病者，如糖尿病、自體免疫病等